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- 寡核苷酸芯片的逐步探针选取算法
- 作者： 彭胜蓝 周一鸣 来源： 计算机工程 年份： 2010 文献类型 ： 期刊 关键词： 基因分型 贪心算法 逐步算法 探针选取问题 寡核苷酸芯片
- 描述： 探针集的挑选是寡核苷酸芯片设计过程中最重要的部分.基于合成探针成本的考虑,探针的个数成为评价探针集优劣的一个最重要的指标.一个好的探针挑选算法应该挑选出尽可能少的探针.为此,对探针选取的贪心算法作了改进,提出一个类似于逐步向前回归算法的探针选取算法.该算法在每次向探针集加入边际效用最大的探针的同时,把边际效用没有或者很小的探针从探针集中剔除出去.对HLA 等位基因数据的实验结果表明,逐步选取算法得到的探针集优于贪心算法挑选出的探针集.