寡核苷酸芯片的逐步探针选取算法

【类型】期刊

【作者】彭胜蓝 周一鸣 

【刊名】计算机工程

【关键词】 基因分型 贪心算法 逐步算法 探针选取问题 寡核苷酸芯片

【资助项】国家自然科学基金资助项目

【摘要】探针集的挑选是寡核苷酸芯片设计过程中最重要的部分.基于合成探针成本的考虑,探针的个数成为评价探针集优劣的一个最重要的指标.一个好的探针挑选算法应该挑选出尽可能少的探针.为此,对探针选取的贪心算法作了改进,提出一个类似于逐步向前回归算法的探针选取算法.该算法在每次向探针集加入边际效用最大的探针的同时,把边际效用没有或者很小的探针从探针集中剔除出去.对HLA 等位基因数据的实验结果表明,逐步选取算法得到的探针集优于贪心算法挑选出的探针集.

【年份】2010

【期号】第22期

【作者单位】彭胜蓝,PENG Sheng-lan(景德镇陶瓷学院信息工程学院,江西景德镇,333403)；周一鸣,ZHOU Yi-ming(清华大学生物科学与技术系,北京,100084)

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